display:noneは検索エンジンスパムであるという俗説があります。また、スタイルシートにdisplay:noneを記述したためにインデックスから削除されたという事実もあまり聞きません。
Yahooで当サイトのCSSを検索してみると結果に現れました。
ちなみにGoogleではインデックスされていないようです。
しかし、インデックスされてるから削除の対象になるというものでもなさそうです。
当サイトもGUIとナビゲーションを両立させるためにdisplay:noneを多用しているので、今後のYahooの動向には十分注意する必要がありそうです。