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この使い分けについては、従来から発音に基づく（acronymはひとつの単語として発音されるもの、abbrは1語ずつ別々のもの）とか、頭文字によるものがacronymで略語一般がabbrなど、いろいろな説が唱えられてきました。定義の背景はさておき、これをいちいち区別して使い分けるというのはたいして有益なこととは思えません。
実際のところ、利用者にとってはWWWがacronymかabbrかということは本質的な問題ではなく、そのフルスペルがWorld Wide Webであることが伝わればよいわけです。迷うようなら、より一般的な範疇であるabbr要素としてマークアップしておくのがよいでしょう（XHTML 2.0の2002年12月草案では、acronym要素は削除されてしまいました）。いずれにしても、これらの要素を理解しないブラウザもあるので、重要な語句には（）で説明を加えるなどの手段も併用する必要があります。要は、利用者に親切なページづくりをしようということです。
Win版IE5/6はacronym要素のみ対応しており、abbr要素には反応しません。（Mozilla、Opera、Mac版IE5およびiCabは両方OKです。）
現在のところ@Styleでは abbr要素からacronym要素への変換スクリプトを使用してIEに対応しています。しかし、（）などで明記したほうがGUI利用者、またスクリーンリーダー利用者にとっても便利ではないでしょうか。