ウェブサイトの配下のブログやウェブサイトの直下にブログを作成した場合には、MT4.2のテンプレートセットプラグインがそのまま利用可能です。
MT4.2で行っていた通り、テンプレートセットプラグインをpluginsディレクトリにアップロードします。
「ブログテーマの一覧」を開くとインストールしたテンプレートセットプラグインが現れますので、選択し、再構築を行うと適用されます。
参考情報1（スクリーンショット付き解説）：Movable Type 5 ウェブサイトの直下（ルート）にブログを公開する
参考情報2：ウェブサイトの直下（ルート）にブログを公開する